2012年6月28日，就在调查报告发布的前一天，齐全军被刑事拘留。

很快，齐全军因涉嫌重大飞行事故罪被立案侦查。

2013年11月28日，该案件在黑龙江省伊春市伊春区人民法院正式开庭审理。

此前，上百名飞行员联名写信，希望法院在对案件的审判过程中，不要受到舆论的干扰。

这是中国首例飞行员被指控重大飞行事故罪的案件，国际民航组织甚至也派人前来旁听，伊春空难的幸存者和遇难者家属也来了很多。

检方的主要依据仍然是国务院的调查报告，他们认为齐全军对伊春空难直接负责，并且出事后没有救助伤员和指挥旅客撤离。

齐全军的辩护律师、空军后勤学院客座法学教授张起淮，对此表示强烈不满。

张起淮认为，尽管空管员提醒了齐全军天气状况，但并没有下达飞离或返航的指令。

鉴于飞机上有「重要乘客」，且伊春市领导亲自接机，齐全军有理由认为，地面管理人员是希望飞机可以强制着陆的。

张起淮还认为，法院不应当以调查报告作为审判依据。

国际民航曾立法推崇「不追责」调查，以避免事故调查因自身利益而不完全披露真相，背离事故调查的初衷。

而参与此次调查的民航局、河南航空，均为利益相关方。

张起淮列举了28个导致空难的原因，除了调查报告所说的，还有伊春地区的地形气候不具备建设机场的条件、机场设备简陋不完善、机场未经依法严格验收、山地警报系统被关闭、空管员没有执照、机场代码错误导致气象数据无法录入等等，齐全军虽有过错，但不应当承担主要责任。

在张起淮的强烈要求下，VD8387的黑匣子录音被当庭播放。

张起淮发现，部分录音内容与起诉书并不一致，比如起诉书称齐全军一开始就没看清跑道，但黑匣子录音中明显记录着他说过「跑道很亮」。

法庭上，齐全军最后流泪致歉，他认可自己操作中存在的问题，愿意卖房卖车进行赔偿。

原本对齐全军恨之入骨的遇难者家属，听完庭审后变得困惑，他们无法继续将怨恨对准齐全军一个人，却又不知道该由谁来给他们一个交代。

幸存者张新海甚至认为，齐全军是替人背了锅。<